Lyfja hf stofnuð árið 1996
Saga Lyfju hf. hófst árið 1996 þegar ákvæði nýrra lyfjalaga sem tryggðu frelsi í stofnun og rekstri lyfjabúða tóku gildi. Lagabreyting þessi hafði mikil áhrif á lyfjamarkaðinn, en áður höfðu yfirvöld úthlutað lyfsöluleyfum. Fyrir breytinguna höfðu apótekin skipt með sér markaðssvæðum. Í því umhverfi var samkeppni nánast engin og lyfjaverð var það sama í öllum apótekum. Nú hefur samkeppni á lyfjamarkaði leitt til aukinnar fjölbreytni í þjónustu apótekanna, jafnframt því sem lyfjaverð hefur lækkað umtalsvert.

Drög að stofnun Lyfju urðu til áður en nýju lögin höfðu tekið gildi. Fyrirtækið Lyfja var stofnað þann 11. apríl 1996 og verslunin Lyfju í Lágmúla var fyrsta apótekið sem var rekið með breyttri áherslu og öðrum markmiðum en áður höfðu tíðkast. Heilbrigð samkeppni og skynsamleg verðlagning var orðin staðreynd í lyfsölu. Lyfja er brautryðjandi í lækkun lyfjaverðs og hefur frá upphafi lagt áherslu á að selja lyf á lágmarksverði. Forsvarsmenn Lyfju, þeir Ingi Guðjónsson og Róbert Melax, brydduðu einnig upp á ýmsum nýjungum og hafa frá upphafi lagt ríka áherslu á að veita viðskiptavinum sínum sem mesta og besta ráðgjöf og þjónustu.

Í júni 1996 var fyrirtækið Lyfjabúðir ehf stofnað af Jóhannesi Jónssyni í Bónus, Guðmundi Reykjalín viðskiptafræðingi og þremur lyfjafræðingum. Hlutverk fyrirtækisins var að annast rekstur lyfjabúða víðsvegar á höfuðborgarsvæðinu undir nafninu "Apótekið". Við stofnun Baugs hf um mitt ár 1998 runnu Lyfjabúðir ehf saman við Hagkaupsapótek sem rekin voru af Lyfjakaupum ehf. Um áramótin 1998-99 varð sú breyting á eignarhluta að Jóhannes keypti út fyrrnefnda lyfjafræðinga. Á þessum tíma ráku Lyfjabúðir ehf 10 apótek. Helsta aðalsmerki apótekanna hefur ávallt falist í hagstæðu verði. Staðsetning þeirra er yfirliett í nálægð við verslunarkjarn eða stærri matvörubúiðir s.s. Hagkaup og Bónus.


1996 / Lægra lyfjaverð og lengri afgreiðslutími
Frá stofnun Lyfju hf. hefur verið lögð áhersla á lægra lyfjaverð og lengri afgreiðslutíma. Afgreiðslutími Lyfju Lágmúla var í upphafi frá 9-22 alla daga ársins. Í dag er opið frá 8-24 alla daga nema aðfangadag og gamlársdag þá er opið til 18. Lögð var áhersla á fjölbreytt vöruúrval og nýjungar viðskiptavinum til hagsbóta.Hjúkrunarfræðingur var ráðinn til starfa og hafði hann sérstakt móttökuherbergi þar sem viðskiptavinir gátu í næði skoðað t.d. stoma- og þvaglekavörur, sjúkrasokka, hitahlífar o.fl. og fengið ráðgjöf um notkun þessa. Þá höfðu viðskiptavinir greiðan aðgang að lyfjafræðingi þar sem afgreiðslan var í opnu umhverfi. Lögð var áhersla á að veita markvissar upplýsingar um val á lyfjum og notkun þeirra. Mun meira varð af sjálfsafgreiðsluvörum í versluninni en sést hafði áður hér á landi.


1997 / Bæklingar um algenga kvilla
Gefnir voru út bæklingar um algenga kvilla er geta hrjáð mann og var þeim dreift ókeypis í apótekum Lyfju. Bæklingar þessir voru unnir í samvinnu við Félag íslenskra heimilislækna og hafa þeir ótvírætt upplýsingagildi.


1998 / Útgáfa Lyfjubókarinnar
Lyfja gaf úr Lyfjubókina í samstarfi við Ými Vésteinsson lyfjafræðing. Ritið er ítarlegt upplýsingarit um lyf og virkni þeirra. Vinna við bókina hófst á haustmánuðum 1998. Auk Ýmis skrifuðu fleiri lyfjafræðingar um einstök lyf , lyfjaflokka eða afmarkaða þætti í bókinni. Þeir eru: Árni Vésteinsson, Áslaug Guðný Jónsdóttir, Bryndís Þórsdóttir, Erna Björnsdóttir, Henrik Óskar Þórðarson, Inga Pálsdóttir, Ingi Guðjónsson og Pétur Magnússon. Lyfjubókin veitir neytendum faglegar og greinargóðar upplýsingar um lyf og lyfjanotkun og stuðlar þannig að öruggari lyfjameðferð. Bókin kom út haustið 1999 og seldist í 3.000 eintökum fyrsta árið. Hún þykir vera mjög aðgengileg og margir viðskiptamenn Lyfju hafa hrósað henni óspart fyrir einfaldleika.


1999 / Heilsuvefur Lyfju
Heilsuvefur Lyfju var settur lagginar í samstarfi við Visi.is. Honum er ætlað að vera upplýsingabrunnur fyrir fólk um lyf, lyfjanotkun, almennt heilsufar og hollustu. Á heilsuvefnum er líka Lyfjubókin, upplýsingarit um lyf á Íslandi, og fá neytendur beinan aðgang að henni á vefnum. Neytendur geta sent sérfræðingum, s.s. lyfjafræðingum, læknum og hjúkrunarfræðingum, spurningar um hvaðeina er tengist lyfjameðferð og heilsu.



2000 / Ráðgjöf til viðskiptavina og mælingar
Haustið 2000 hóf Lyfja að bjóða fólki upp á mælingar á blóðfitu og blóðsykri gegn vægu gjaldi. Í þessum mælingum eru notuð áreiðanleg og nákvæm tæki sem eru gæðaprófuð reglulega. Í nóvember árið 2000 hófust svo mælingar á beinþéttni í Lyfju Laugavegi.



2000 / Fyrsta Netverslunin á Íslandi með lyf
Þriðjudaginn 4. september opnaði Lyfja netverslun í samvinnu við Vísi.is. Í versluninni eru ýmsar vörur í boði. Þar mætti nefna heilsu- megrunar- og hjúkrunarvörur. Í netversluninni er einnig hægt að fá heimsendingu á lyfjum sem selja má án lyfseðils. Þessi nýjung er fyrsta sinnar tegundar hér á landi, að hægt sé að kaupa lyf gegnum íslenskan vef. Á Íslandi er ekki heimilt að póstsenda lyf. Fyrirkomulagið er því háttað þannig að starfsmaður Lyfju annast sendingar sem innihalda lausasölulyf. Af þessum sökum reynist einungis unnt að senda lausasölulyf heim til viðskiptavina á höfuðborgarsvæðinu. Auðvelt er fyrir viðskiptavini að leita sér upplýsinga um þau lausasölulyf sem hægt er að panta hjá netversluninni þar sem Lyfja rekur einnig heilsuvef. Í netversluninni eru tölvutengdir textar um lyfin við Lyfjubókina sem Heilsuvefurinn hýsir eins og áður sagði. Netverslunin var lögð niður um ári síðar og er ekki í gangi í dag.


2000 / Lyfja hf og Lyfjabúðir ehf sameinast
Þann 4. desember 2000 sameinuðust Lyfja hf og Lyfjabúðir ehf undir einn hatt og nefnast Lyfja hf. Félagið varð með þessu sjálfstætt dótturfélag innan Baugssamstæðunnar en var stjórnað af stofnendum Lyfju, þeim Inga Guðjónssyni og Róberts Melax. Eftir sameininguna átti Baugur 55% hlutafjár í sameinuðu félagi en eigendur Lyfju 45%. Sameiningin renndi sterkari stoðum undir það markmið að viðhalda lágu lyfjaverði. Sameinað fyrirtæki rekur lyfjaverslanir undir tveimur heitum, "Lyfja" og "Apótekið", og með sömu áherslum og hafa verið.


2001 / Samkeppnisstofnun setur Lyfju hf skilyrðir fyrir samruna fyrirtækjanna
Samkeppnisráð gat í krafti sinnar stöðu ógilt samrunann eða sett honum skilyrði. Þann 2. febrúar 2001 setti samkeppnisráð skilyrði vegna samruna Lyfju hf og Lyfjabúða ehf. Lyfju hf varð skylt að selja í einu lagi fimm af fjórtán starfandi apótekum á höfuðborgarsvæðinu.
Ráðið komst að þeirri niðurstöðu að samruninn leiddi til markaðsráðandi stöðu Lyfju á höfuðborgarsvæðinu. Slíkt hefði skaðleg áhrif á samkeppni og væri andstætt hagsmunum neytenda ennfremur sem samruninn hindraði virka samkeppni.
Viðræðum Lyfju og samkeppnisyfirvalda lauk með því að fyrirtækið féllst á að selja í einu lagi fimm af fjórtán starfandi apótekum sínum á höfuðborgarsvæðinu. Að uppfylltum þeim skilyrðum taldi samkeppnisráðið að hugsanleg skaðleg áhrif samrunans væru þar með úr sögunni.


2001 / Lyfja hf selur fimm apótek í einu lagi
Þann 20. júlí seldi Lyfja hf fimm lyfjaverslanir í samræmi við ákvörðun samkeppnisráðs frá 2. febrúar. Kaupandi var Hagræði hf. sem rekur lyfjaverslanir undir nafninu Lyf og heilsa. Forsvarsmenn Lyfju hf töldust með þessu vera búnir að uppfylla sett skilyrði samkeppnisráðs en vera engu að síður ósáttir við söluna þótt þeir hafi ákveðið að lúta í læga haldi fyrir samkeppnisráði.


1999-2005 / Nokkur apótek á landsbyggðinni sameinast Lyfju
Frá árinu 1999 hafa nokkur apótek á landsbyggðinni sameinast Lyfju, fyrst Egilsstaða Apótek og nú síðast Árnes Apótek.
Fyrir utan höfuðborgarsvæðið eru apótek Lyfju í Borgarnesi, á Sauðárkróki, Ísafirði, Húsavík, Egilsstöðum, Neskaupstað, Selfossi og Keflavík.
Apótekið er á Akureyri og á þremur stöðum á höfuðborgarsvæðinu.


2004 / Hlutafé í Lyfju selt
Í byrjun árs 2004 seldu stofnendur Lyfju hf sinn hlut til Haga og var þá félagði 100% í eigu Haga.
Skömmu síðar selja Hagar Lyfju til eignarhaldsfélagsins Árkaupa. Ingi Guðjónsson, annar stofnanda Lyfju, var áfram framkvæmdastjóri félagsins.


2006 / Nýr framkvæmdastjóri Lyfju hf
Í apríl 2006 lét Ingi Guðjónsson af framkvæmdastjórastörfum hjá Lyfju hf eftir rúmlega 10 ára farsælt starf.
Við framkvæmdastjórastarfinu tók Sigurbjörn Gunnarsson.