Cýanókóbalamín er ætlað til notkunar við B12-vítamínskorti. B12-vítamín er m.a. nauðsynlegt fyrir frumuskiptinguna. Rauðu blóðkornin eru í hópi þeirra frumna sem skipta sér hvað oftast og því veldur B12-vítamínskortur blóðleysi.

Einnig er B12-vítamín nauðsynlegt fyrir nýmyndun tauga. B12-vítamínskortur getur stafað af ýmsu, eins og of lítilli myndun á sérstaks próteins (intrinsic factor), áfengissýki, mataræði snauðu af dýraafurðum (kjöti, mjólk, eggjum) í langan tíma og af langvarandi sýkingu í briskirtli. Langtímanotkun sumra lyfja getur líka aukið hættuna á B12-vítamínskorti.